"شهر اشباح" داستان دختری 10 ساله است که به همراه پدر و مادر خود به شهری نقل مکان میکنند اما از این جابجایی راضی نیست. دختر و خانوادهاش در راه رسیدن به خانه جدید خود مسیر را گم میکنند و در نهایت از تونلی عبور میکنند و وارد فضایی سرسبز میشوند. در آن فضا دختر با خدایان و ارواح "شینتو " (دین ژاپنی) مواجه میشود.
